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Stereo-Seq是一种空间转录组技术，该技术基于DNA纳米球(DNA Nano Ball,DNB)开发,是具有高通量、超高分辨率、大视场的原位全景式转录组技术，可以实现样本细胞级别的高分辨率空间转录组分析。Stereo-Seq通过空间芯片捕获组织中的mRNA，并通过时空条形码(CoordinateID，CID)还原回空间位置,实现组织原位测序，为深入地了解细胞的基因表达及形态与局部环境之间的关系建立强大的研究基础。
应用领域
1.空间细胞图谱；
2.空间组织结构；
3.复杂疾病机制；
4.疾病药物治疗；
5.肿瘤发生和发展；
6.组织病理学微区域；
7.生长分化发育；
8.植物逆境胁迫；
9.微生物与植物互作；
10.动植物遗传育种。
技术路线
样本准备 -组织染色-图像评估-透化测试-表达检测-建库测序-数据分析
分析内容
| 标准信息分析 | 高级信息分析 |
1. 测序数据统计与评估：各个样本测序数据基本质控（总read数、测序饱和度等）、各个样本数据比对（组织覆盖区域检测、reads比对基因组比对率、reads比对基因组区域统计等）、基因表达定量； 2. 两种分割bin的数据质量统计：Square bin统计（不同bin值大小捕获到的read统计、基因检测数量、基因表达量统计）、cellbin统计（捕获细胞数量、细胞面积统计、细胞DNB数统计、细胞的基因检测数量、细胞的基因表达量统计） 3. bin聚类分群及数据可视化：bin聚类分群、bin亚群分类统计、bin亚群基因表达量统计、分群结果可视化（组织映射图、UMAP映射图）； 4. 亚群特征基因分析：亚群上调差异基因分析、亚群上调基因筛选和统计、亚群上调基因功能富集分析、亚群特征基因筛选、亚群特征基因分布可视化、蛋白质互作网络。 | 空间拟时空分析、空间通讯分析、 空间共表达模块分析、与单细胞转录组关联分析 |
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